Médée est la fille du roi de Colchide Aeétès. Elle est, par conséquent, la petite-fille du Soleil (Hélios), et la nièce de la magicienne Circé. Sa mère est l'Océanide Idyie. Mais, parfois, on lui donne comme mère la déesse Hécate patronne de toutes les magiciennes. C'est la tradition suivie par Diodore, qui fait d'Hécate la femme d'Aeétès, et de Médée la sœur de Circé.
Médée est devenue, dans la littérature alexandrine et à Rome le type de la magicienne. C'est un rôle qu'elle joue déjà dans la tragédie attique, et dans la légende des Argonautes.
Sans Médée, Jason ne pourrait conquérir la toison d'or: c'est elle qui lui donne l'onguent destiné à le protéger des brûlures des taureaux d'Héphaïstos et qui endort le dragon par ses charmes.
Une tradition tardive, rapportée par Diodore, nous apprend que Médée était, en réalité, une princesse pleine d'humanité, très opposée à la politique de son père, qui consistait à tuer tous les étrangers qui abordaient dans son pays.
Irritée de son opposition sourde, Aeétès l'avait fait mettre en prison, d'où elle n'avait eu aucune peine à se libérer. Ce qui arriva précisément le jour où les Argonautes débarquaient sur le rivage de Colchos.
Elle lia immédiatement son sort au leur, faisant promettre à Jason de l'épouser si elle assurait le succès à son entreprise, et le rendait maitre de la toison d'or qu'il venait chercher si loin. Jason promit, et, profitant de sa connaissance du pays, elle se fait ouvrir le temple où l'on conservait la précieuse dépouille, cependant que les Argonautes attaquaient les soldats et les mettaient en fuite.
Cette tradition, d'inspiration evhémériste, n'est que l'interprétation "rationnelle" des différents épisodes de la légende : les taureaux soufflant le feu deviennent des soldats originaires de Tauride, etc.
La peau du bélier n'est que la dépouille d'un certain Bélier, précepteur du jeune Phrixos, le fils d'Athamas, qui était venu s'égarer jusque-là.
Quoi qu'il en soit, une fois la toison d'or conquise, Médée s'enfuit avec Jason et les Argonautes. Toutes les légendes sont d'accord sur ce point : il lui avait promis le mariage, et tous les crimes ultérieurs de Médée sont excusés, ou du moins expliqués par le parjure de Jason.
Pour le suivre, et lui donner la victoire, Médée avait non seulement trahi et abandonné son père, mais elle avait pris comme otage son propre frère, Apsyrlos, qu'elle n'hésita pas à tuer et à mettre en pièces, pour retarder la poursuite d'Aeélès.
Le mariage de Jason et de Médée ne fut pas célébré immédiatement, en Colchide. Il fut retardé jusqu'à l'escale chez Alcinoos, et en quelque sorte imposé par Arétè, la femme du roi des Phéaciens, à Jason et à Médée : Alcinoos avait, en effet, décidé de rendre Médée aux envoyés d'Aeétés, qui la réclamaient pour la punir de son crime, mais seulement si elle n'était plus vierge.
Arétè prévint secrètement Médée de la décision du roi, et Jason s'unit à elle, pour la sauver, dans la grotte de Macris.
Il existe une tradition très tardive, selon laquelle Jason s'était marié en Colchide même, où il était resté pendant quatre ans, avant d'accomplir les exploits pour lesquels il était venu dans le pays.
Médée, prêtresse (comme Iphigénie en Tauride), d'Artémis Hécate, aurait été chargée de mettre à mort elle-même tous les étrangers qui abordaient en Colchide. Mais, en voyant Jason, elle aurait été saisie d'un amour soudain (inspiré directement par Aphrodite), et la scène du sacrifice se serait terminée par un mariage. Cette version, évidemment inspirée par l'histoire d'Iphigénie et d'Oreste, ne semble pas primitive.
Hésiode nomme un fils de Jason et Médée, Médéios. D'autres auteurs nomment une fille, Eriopis. Plus lard, dans la tradition tragique, on leur attribue deux fils, Phérès et Merméros. Enfin, Diodore nomme Thessalos, Alciménès, Tisandros.
En revenant à Iolcos avec Jason, Médée commença par tirer vengeance de Pélias, qui avait essayé de faire périr Jason en lui imposant la quête de la toison d'or). Elle persuada aux filles du roi qu'elle était capable de rajeunir tout être vivant qu'elle voudrait en le faisant bouillir dans une composition magique dont elle avait le secret.
Sous leurs yeux, elle dépeça un vieux bélier, jeta les quartiers dans un grand chaudron qu'elle avait placé sur le feu, et au bout d'un instant il en sortit un agneau tout frais et Joyeux. Persuadées par cet exemple de son art, les filles de Pélias dépecèrent ainsi leur père et jetèrent les morceaux dans un chaudron fourni par Médée, mais Pélias n'en ressortit jamais.
A la suite de ce meurtre, Acaste, le fils de Pélias, bannit Jason et Médée de son royaume.
Une variante de la même légende (destinée à expliquer que les soupçons de Pélias ne soient pas éveillés par le retour de Jason, qu'il croyait avoir voué à une mort certaine) explique que Jason quitta seule le navire Argo et alla à Iolcos, déguisée en prêtresse d'Artémis.
Le crime accompli, et les Péliades en fuite, pleines d'horreur devant ce qu'elles avaient fait, Médée fit venir Jason, qui donna le royaume à Acaste, le fils de Pélias, qui l'avait accompagné, contre la volonté de son père, dans la quête de la toison. Puis, comme dans la version précédente, Jason et Médée s'en vont vivre à Corinthe.
Corinthe était le pays d'origine d'Aeétès. Là, existait un culte des "enfants de Médée", qui a pu donner naissance à l'épisode suivant de la légende de la Colchidienne. Jason et Médée vécurent quelque temps à Corinthe, jusqu'au Jour où le roi Créon voulut donner sa fille en mariage au héros. Il bannit Médée, mais celle-ci obtint un délai d'un jour, qu'elle mit à profit pour préparer sa vengeance.
Trempant une robe dans des poisons, ainsi que des ornements et des bijoux, elle les fit parvenir, par l'intermédiaire de ses enfants, à sa rivale heureuse. Dès que celle-ci les mit, elle fut embrasée d'un feu mystérieux, ainsi que son père venu à son secours. Le palais prit feu également.
Cependant, Médée tuait ses propres enfants dans le temple d'Héra, et s'envolait à Athènes sur un char attelé de chevaux ailés, présent du Soleil son aïeul.
C'est, dit-on, Euripide qui, le premier, prétendit que les enfants de Médée avaient été tués par leur mère. Dans la version antérieure, ils étaient lapidés par les Corinthiens, qui les punissaient ainsi d'avoir apporté la robe et les bijoux à Créüse.
Médée s'était enfuie à Athènes parce que, disait-on, elle s'était assuré l'aide d'Egée, avant de commettre son crime contre ses enfants. Elle lui affirma qu'elle serait capable de lui donner des fils, s'il l'épousait. Elle essaya, mais en vain, de faire mourir Thésée, lorsque celui-ci vint se faire reconnaître par son père.
Elle fut alors bannie d'Athènes. Elle retourna en Asie, accompagné de son fils Médos, qu'elle avait eu d'Egée, et qui est l'éponyme du peuple des Mèdes. Ensuite, elle retourna en Colchide, où Persès avait dépossédé Aeétès, et elle fit tuer Persès, pour rendre le royaume à son propre père.
Il existait une tradition selon laquelle Médée ne serait pas morte, mais aurait été transportée aux Champs Elysées, où elle se serait unie à Achille (ainsi, d'ailleurs, qu'Iphigénie, Hélène et Polyxène).